Depois da saída de Luiz Alphonsus da direção da EAV, Luiz Ernesto, que havia sido coordenador de Ensino, foi sugerido pelo conselho da Escola como sucessor e aceito por Lélia Fraga secretária de Cultura e Esporte, para assumir o cargo. Durante sua gestão, Luiz Ernesto enfrentou algumas mudanças de secretários de Cultura, Adriano de Aquino permaneceu no cargo de 1999 a 2000, sendo sucedido por Helena Severo. Luiz Ernesto assume em 4 de maio de 1998, dando continuidade ao projeto de restauro das Cavalariças, porém ao invés de transformá-las em um salão de eventos, faz delas um novo espaço expositivo, instalando ali o projeto Zonas Instáveis, que recebeu artistas contemporâneos para desenvolverem propostas a partir do espaço utilizando-se do conceito site specific. Outro programa desenvolvido nessa gestão, foi a implementação do Núcleo de Arte e Tecnologia – NAT na grade de ensino da escola, visando à introdução das ferramentas digitais. Coordenado por Giodana Holanda e Tina Velho, o núcleo realizou a primeira proposta de site da escola, mostrando também seu caráter de desenvolvimento institucional. Outro ponto importante de ser lembrado durante essa gestão foi a doação de todas as prensas de gravura do antigo Bloco Escola/MAM-RJ para a EAV em janeiro de 1999, maquinário fundamental para o ensino da gravura no Brasil. Vale a pena salientar a intensa relação entre o Bloco Escola do MAM e a EAV, desde o período de Rubens Gerchman, primeiro diretor da escola. A ONG Associação Saúde Criança Renascer ganha em decreto assinado pelo presidente da República, Fernando Henrique Cardoso, o uso por dez anos do imóvel conhecido como Escola de Jardinagem, anexo ao conjunto arquitetônico Mansão dos Lage. O projeto Renascer começou em 1992 e atendia cerca de mil crianças por ano oferecendo assistência aos familiares de internados. Esse projeto ocupa o espaço até os dias atuais em 2015. A estrutura da escola compreendia um sistema de cerca de 50 cursos por semestre, além dos cursos de férias e de curta duração. Nessa gestão a escola dispunha como espaço expositivo além das galerias, o terraço e as Cavalariças que foram abertas. Os eventos da EAV nesse período eram aprovados por uma curadoria composta pela Direção da escola, Conselho de Direção e Coordenação de Eventos. Receberam apresentações teatrais, shows musicais, sessões de filmes, entre outros. Em 2001, foi realizada uma grande limpeza da área verde do Parque Lage por conta de um convênio assinado entre a Prefeitura do Rio de Janeiro e o Ibama, resultando na poda de árvores, corte da grama e outras intervenções.