Luiz Alphonsus Guimaraens é mantido no cargo como diretor da EAV, pelo novo secretário de Cultura, Leonel Kaz, em ofício enviado em 8 de fevereiro de 1995 e permanece no cargo até maio de 1998. No início de sua nova gestão, Luiz Alphonsus convocou uma reunião com os coordenadores de núcleos para realizar uma reforma pedagógica, sugerindo reuniões quinzenais para que pudessem acompanhar e discutir, além das questões cotidianas da instituição, pontos específicos sobre o ensino. Os cursos desse período deveriam ter uma ementa mais clara, apresentar diversidade de propostas e ter um número mínimo de alunos para abrir uma turma. Os núcleos tiveram de reformular e diminuir o corpo técnico para reduzir os custos de funcionamento da Escola. É desse momento a ideia de um projeto de restauração do palacete, que previa a construção de um espaço anexo na quadra de tênis para ateliês e adaptação das Cavalariças para ser um salão de eventos. Desse projeto pouca coisa conseguiu sair do papel, polêmicas envolvendo a empresa contratada e a presidência do Iphan embargaram a realização da iniciativa. Duas importantes reformas feitas nessa época foram a impermeabilização do terraço da escola e a restauração das Cavalariças. A equipe profissional do período foi composta por Ivete Miloski (vice-diretora e coordenadora técnica); Nelson Augusto (coordenador de exposições); João Sattamini (coordenador financeiro); Luiz Ernesto (coordenador de ensino) e teve como coordenadores de núcleos: Guilherme Blatter (3 Dimensões); Katie van Scherpenberg (Pintura), Suzana Queiroga (Desenho), João Atanásio (Gravura), Cristina Pape (Teoria e História), Ruth Lifschits (Fotografia) e Maria Tornaghi (Crianças e Jovens). A Ameav tinha como presidente Carlos Scliar e vice-presidente, João Sattamini.